Cebula należy do roślin wrażliwych na niedobory wody ze względu na płytki system korzeniowy sięgający zazwyczaj 15-30 cm głębokości. W praktyce oznacza to tyle, że cebula nie ma możliwości poboru wody znajdującej się w głębszych partiach gleby. Zapotrzebowanie na wodę cebuli podczas okresu wegetacji wynosi 350-500 mm, a brak odpowiedniej wilgotności może wpływać na kształt cebuli, ostrość smaku, a nawet jej zapach.
Terminy nawadniania cebuli ustala się za pomocą tensjometru. Cebule nawadnia się od momentu zawiązania cebul do załamywania się szczypioru, czyli zwyczajowo od połowy czerwca do końca lipca.
Dawka wody jaką należy podawać zależy od zwięzłości gleby - przy glebie lekkiej powinna wynosić od 10 do 15 mm przy intensywności opadu 12-15 mm, na glebach średnio przepuszczalnych dawka powinna oscylować w granicach od 15 do 20 mm z intensywnością 10-12 mm, a na glebach ciężkich zaleca się dawkę od 20 do 25 mm i intensywność opadu 8-10 mm. Da się zatem zauważyć następującą zależność - im cięższa gleba, tym większą dawkę należy podać, aby woda miała szansę przedrzeć się do głębokości aktywnych korzeniach, ale z mniejszą intensywnością opadu, aby nie powstawały zastoiska i kałuże. Dawki powinny być również dostosowane do fazy wzrostu rośliny - stopniowe zwiększanie wraz z rozwojem.
Wilgotność gleby należy utrzymywać na poziomie 70-80% PPW.
Najefektywniejszym sposobem nawadniania cebuli jest system nawadniania kroplowego.
Dzieje się tak, ponieważ woda podawana jest za jego pośrednictwem precyzyjnie, a w razie potrzeby przy jego pomocy istnieje możliwość podawania roztworów nawozowych wprost w strefę korzeniową rośliny. W odróżnieniu od tradycyjnego deszczowania, nawadnianie kroplowe dostarcza mniejsze dawki w jednostce czasu, a tym samym częstotliwość podlewania powinna być większa. W okresie niedoboru opadów atmosferycznych średnia częstotliwość nawadniania to co 2-3 dni przy dawkach 10-15l na metr bieżący przewodu. Do nawadniania cebuli na glebach cięższych polecane są przewody kroplujące o rozstawie emiterów co 30-40 cm, a na glebach lekkich co 20 cm.
Fertygacja cebuli zapewnia znakomite rezultaty. Badania wykonane na potrzeby Instytutu Warzywnictwie wykazały, że odpowiednio przeprowadzona fertygacja azotem pogłównie, po przedsiewnym, rzutowym zastosowaniu tej samej dawki 50 kg H/ha, spowodowała wzrost plonu o 26% w porównaniu z nawożeniem posypowym w warunkach nawadniania. Aby taka fertygację wykonać należy instalację wyposażyć w dozownik proporcjonalny, zwężki inżektorowe lub pompę dozującą.